Данная ошибка возникает довольно часто, к примеру если при обмене из одной базы данные были выгружены два раза подряд, тогда при загрузке данных в другую базу, транспортные сообщения уже могут не совпадать, либо писать ошибку что файл не содержит нужных данных.

Для исправления ситуации нужно воспользоваться обработкой по регистрации объектов для обмена и выставить в ней необходимые номера пакетов, если даже после явного указания номера обмен не идет, то довольно часто помогает просто не архивировать файлы обмена при выгрузке и загрузке.